STIT Raden Wijaya Mojokerto berawal dari Fakultas Tarbiyah Universitas Raden Wijaya (UNIJAYA) yang berada di bawah naungan Kementerian Agama Republik Indonesia. Izin operasional Fakultas Tarbiyah UNIJAYA diterbitkan melalui SK Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor: KEP/E.III/215/82 tertanggal 13 Juli 1982.
Sebagai bagian dari restrukturisasi nasional perguruan tinggi keagamaan Islam swasta, pada tahun 1989, Fakultas Tarbiyah UNIJAYA resmi berubah bentuk menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Raden Wijaya Mojokerto dengan Program Studi S1 Pendidikan Agama Islam, melalui SK Menteri Agama RI Nomor 58 Tahun 1989 tanggal 11 Maret 1989.
STIT Raden Wijaya Mojokerto terus berkembang dan pada 12 Oktober 1999, memperoleh penetapan kembali status “diakui” melalui SK Direktur Kelembagaan Pendidikan Islam Nomor E/319/1999. Kemudian pada 2003, diperoleh perpanjangan izin penyelenggaraan melalui SK Nomor Dj.II/569/2003.
Pengakuan mutu institusi diperkuat dengan raihan akreditasi dari BAN-PT pada 3 Agustus 2008, berdasarkan SK Nomor 016/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008, yang berlaku selama 5 tahun. Berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 618/SK/BANPT/ Ak-PPJ/PT/VIII/2020 tertanggal 21 September 2022 menetapkan Peringkat Akreditasi Perguruan Tinggi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Raden Wijaya Mojokerto terakreditasi Baik.
Adapun yang menjabat sebagai Ketua STIT Raden Wijaya Mojokerto sejak berdirinya sampai dengan sekarang adalah sebagai berikut :
1. Drs. H. Syamsul Hadi (1981 – 1996)
2. Drs. H. Syu’aib Nawawi, M.Pd.I (1996 – 2012)
3. Drs. H. Abdul Halim Hasyim, M.Pd.I (2012 – 2012)
4. Drs. H. Syu’aib Nawawi, M.Pd.I (2012-2016)
5. Dr. M. Fatih, M.Fil.I (2016-2020)
6. Drs. H. Hasan HA Buro, MM., M.Pd (2020-2024)
7. Dr. Drs. H. Imron Rosyadi, SH., MH. (2024-Sekarang)